ISO14001認證適用于任何組織，包括企業、事業單位和相關政府單位。通過認證后，可以證明該組織在環境管理方面達到了國際水平，能夠保證企業各種過程、產品和活動中的各種污染物的控制達到相關要求，幫助企業樹立良好的社會形象。我國實施ISO14001的認證機構很多，由CNCA確定，咨詢機構由各工商局確定。
環境管理體系的運行模式環境管理體系圍繞環境方針的要求進行環境管理。管理的內容包括制定環境政策、實施和實現環境政策要求的相關內容、審查和保持環境政策的實施和實現程度等。環境管理涉及的管理要素包括組織結構、計劃活動、職責、慣例、程序、過程和資源等。這些管理要素與企業生產管理、人事管理、財務管理類似，但沒有本質區別。ISO 14001標準對它們進行了系統化和結構化，提出了環境管理模式。
這種環境管理體系模式遵循傳統的PDCA管理模式:PLAN、DO、CHECK和ACTION，即規劃管理活動的目標和原則；在實施階段實現目標，在實施過程中體現上述工作原則；檢查發現問題，及時采取糾正措施，確保實施和實現過程不會偏離原來的目標和原則，實現過程和結果的改進。
第一階段是建立和實施ISO14001環境管理體系
在此階段，組織應建立并實施ISO14001環境管理體系，并正式達到ISO14001標準的要求。
ISO14001環境管理體系認證的建立和實施遵循自愿原則，組織最高管理者決定是否建立和實施ISO14001環境管理體系。如果組織決定建立系統，應完成以下幾個方面:
首先要做好人力、財力、物力方面的準備。最高管理者應以書面形式任命環境管理代表。最高管理層應授權設立相應的機構，并給予人力和財力支持，以確保該系統的建立和運行。
第二，要做好初期環境評估。這項工作是評估組織的環境管理，總結經驗，找出主要的環境問題并分析其風險，從而確定控制方法和未來的改進方向。一般來說，要進行初步的環境評估，首先應該成立一個由環保、生產、技術和設備方面的人員組成的工作組。工作組應完成法律法規的識別和評價、環境因素的識別和評價、現有環境管理體系與ISO14001標準差距的評價，并形成初步環境評估報告。
第三，要完成環境管理體系的規劃。所謂環境管理體系規劃，就是根據初步環境評價的結果和組織的經濟技術實力制定環境政策；確定環境管理體系框架；確定組織和職責；制定目標、指標和環境管理計劃；確定哪些環境活動需要制定運行控制程序。
第四，準備系統文檔。ISO14001環境管理體系是文件化的環境管理體系，要求編制環境管理手冊、程序文件、操作說明等。
第五，運行環境管理體系。環境管理體系文件的完成和正式頒布，標志著環境管理體系已經建立并投入運行。
在體系運行過程中，為檢查組織的環境管理活動是否按照環境管理體系文件的規定進行，環境管理體系是否得到正確實施和保持，并確定體系的持續適用性、充分性和有效性，組織應組織內部審核和管理評審。
貫穿這些任務的另一項重要任務是培訓所有員工。建立和實施環境管理體系，強調全員參與。環境管理體系的任何一個環節的建立和實施都有賴于全體員工的共同努力，任何一個員工都離不開這個體系。為了使他們能夠以實際行動理解和支持系統的建立和運行，組織必須進行充分的培訓，從ISO14001標準到環境政策、適用的法律法規、個人責任、重要的環境因素、系統文件、工作說明和運行記錄...
如果組織在建立和實施體系的過程中需要人員培訓和技術支持，可以向環境管理體系咨詢機構尋求幫助。根據我國規定，ISO14001環境管理體系咨詢機構必須在國家環保總局科技司注冊。
第二階段是鑒定和取證。
經過內部審核和管理評審，如果組織確認其環境管理體系基本符合ISO14001標準的要求，對組織具有良好的適用性，運行充分有效，則可以申請認證，并與中國環境管理體系認證機構認可委員會認可的認證機構簽訂認證合同，進入ISO14001環境管理體系認證評審階段。
認證審核是組織委托認證機構驗證組織的環境管理體系與ISO14001環境管理體系標準的符合性和運行維護的有效性，并確定是否向組織頒發認證證書的過程。
為了接受認證機構的認證審核，組織應做好充分準備，以保持系統的有效運行。認證機構將派出審核小組，對組織進行認證審核。認證審核包括第一階段審核和第二階段現場審核。組織完成第二階段現場審核簽發的不符合項糾正并經審核組驗證結案后，組織將確定是否批準組織的認證注冊，并在認證評估后簽發認證證書。
證書有效期為三年，三年內組織機構應當多次接受本機構的監督和審計；三年后，組織應申請復查并重新登記，以獲得證書，這與第一次認證和取證相同。
